Laboratoires
Génétique et génomique écologique
Objectifs et finalités
Le Laboratoire de Génétique Génomique Écologique (LGGE) a comme but de fournir aux chercheurs l’accès à la diversité moléculaire des organismes de la forêt guyanaise, c’est-à-dire de permettre l’étude expérimentale de la base génétique des caractéristiques biologiques (propriétés de l’ADN et l’ARN, propriétés enzymatiques, caractéristiques morphologiques et fonctionnelles, propriétés physico-chimiques…) et de leur diversité inter- et intraspécifique, ainsi que de développer et appliquer les méthodes génétiques et génomiques qui permettent d’élucider les mécanismes de la dynamique forestière.
Les structures du LGGE sont donc consacrées à la compréhension des interactions entre génome et environnement, en s’appuyant sur toutes les stratégies d’investigation scientifiques propres à la biologie moléculaire dans son interaction avec les disciplines écologiques et évolutifs.
Localisation et surfaces utiles
La plateforme est située sur le Campus Agronomique de Kourou. Elle se compose de six dispositifs :
- Serres qui permettent la mise en culture des plants pour le suivi des propriétés biologiques des arbres forestiers et l’analyse génétique quantitative
- Laboratoire d’extraction et stockage d’ADN
- Laboratoire d’extraction d’ARN
- Laboratoire consacré à la manipulation des échantillons ADN (dilution, mise en plaque), avec un PSM permettant les manipulations sensibles à la contamination.
- Laboratoire de biologie moléculaire, consacré à l’exécution des opérations liées au dosage, amplification, révélation et visualisation.
- Laboratoire de bio-informatique composée de l’ensemble de hardware et de software permettant l’analyse bio-informatique et statistique des données produites par LGGE.
Principaux équipements
Filière stockage et extraction, dosage
Le laboratoire de stockage et d’extraction est équipé avec 12 congélateurs, dont deux de long stockage à -80 °C, deux ultracentrifugeuses réfrigérées), et d’une sorbonne. Afin de quantifier et de vérifier la qualité des ADN et ARN nous avons un Agilent TapeStation 4150 ainsi qu’un spectromètre pour le dosage en plaque. A l’étage se trouve une salle d’extraction d’ARN et un Qbit et nanodrop pour doser également les ADN OU ARN.
Filière PCR
Le laboratoire de préparation des PCR est aménagé comme suit :
- un PSM (poste de sécurité microbiologique) où il est INTERDIT de faire entrer des échantillons d’ADN (confiné afin de limiter les contaminations entrantes)
- une salle d’amplification avec six thermocycleurs
- une salle de vérification par électrophorèse et de détection post-électrophorèse qui est réglementée dû à l’utilisation de gel red (agent intercalant de l’ADN)
Dans le laboratoire de microbiologie se trouve également un PSM où l’on dépose l’ADN pour les amplifications PCR.
Filière analyse bio-informatique des données
L’analyse des données, notamment pour ce qui concerne la bio-informatique, repose sur l’utilisation d’un serveur, accessible en réseau par les utilisateurs, et conçu spécifiquement pour l’analyse des données. Les données terrain seront centralisées et stockées dans une base de données interactive sur le Cloud.
